03/19/2024

20 de instrumente open-source pot ajuta cercetarea în vindecarea COVID-19

Guvernele, oamenii de știință și instituțiile de cercetare folosesc tehnologia și inovația pentru a aborda COVID-19.

Au fost dezvoltate instrumente open source, iar unele continuă să fie testate pentru a sprijini eforturile care au fost implementate pentru a minimiza rezultatele acestui virus mortal.

Există deja o serie de instrumente open-source, ajutând cercetătorii să învețe despre boală, identificând răspândirea, prevenind răspândirea și minimizând răspândirea ulterioară și decesele. O gamă largă de proiecte este disponibilă la Ecosistemul educațional care prezintă modul de utilizare a diferitelor instrumente.

Acest articol analizează unele dintre instrumentele și bibliotecile open-source care sunt utilizate în monitorizarea, prevenirea și limitarea, diagnosticarea și tratamentul COVID-19.

Harta de urmărire COVID-19

În ianuarie, Centrul JHU pentru Știința și Inginerie a Sistemelor a lansat a Harta de urmărire globală a COVID-19 care a devenit rapid o sursă de încredere la nivel internațional a datelor despre pandemie în evoluție în timp real.

Harta este open source și a fost folosită pentru a susține eforturile de cercetare și vizualizare de către organizațiile media de top, organizațiile mici și guvernele locale.

DXY-COVID-19-Crawler

DXY-COVID-19-Crawler este unul dintre cele mai vechi proiecte open-source dezvoltate pentru a răspunde la COVID-19 în ianuarie.

Dezvoltatorii au folosit date de la DXY.cn, un site care a fost folosit de medicii chinezi pentru a raporta și urmări cazurile. Ei au dezvoltat un crawler web care a colectat date de pe site și le-a pus la dispoziție printr-un API și un depozit de date. Codul este disponibil pe Github.

Kit de date deschise

Kit de date deschise (ODK) nu este un instrument nou. A mai fost folosit în timpul focarelor de Ebola din Africa de Vest în 2004 și a focarului mai recent din Republica Democratică Congo în 2019.

În principal, ajută utilizatorii să colecteze, să gestioneze și să utilizeze date în urmărirea contactelor, cartografierea strategică, sprijinul pentru decizii, sensibilizarea comunității și gestionarea cazurilor.

Comunitatea ODK și-a avansat în continuare utilizarea ca răspuns la COVID-19, punând la dispoziție un formular de raportare în implementările sale. Formularul este conceput conform protocolului Organizației Mondiale a Sănătății pentru investigarea cazurilor și urmărirea contactelor și investigații.

  Cum să configurați și să utilizați un iPhone X, iPhone XR, iPhone XS sau iPhone XS Max

Dezvoltatorii principali oferă, de asemenea, asistență gratuită pentru orice organizație care a implementat ODK ca răspuns la COVID-19.

Nextstrain

Nextstrain urmărește evoluția agenților patogeni. A fost folosit anterior pentru a stabili istoricul familial al unei boli, permițând astfel predicția progresiei bolii.

A fost folosit cu succes în epidemiile anterioare, cum ar fi Ebola. Prin intermediul datelor genetice din Inițiativa globală privind partajarea tuturor datelor despre gripă (Gisaid), Nextxtrain este folosit pentru a combate COVID-19.

DHIS2

Probabil că știi deja DHIS2. Este cel mai mare sistem de management al informației în sănătate din lume. Este folosit în peste 70 de țări. Ca parte a răspunsului la COVID-19, DHIS2 a lansat un pachet de date digitale care accelerează detectarea, raportarea, supravegherea și tratamentul infecțiilor.

Pachetul de date digitale DHIS2 utilizează metadate standard care sunt aliniate cu protocolul OMS privind definirea și supravegherea cazurilor COVID-19 pentru a permite implementarea și răspunsul rapid.

Pikobar Java de Vest

Centrul de Informare și Coordonare pentru Boli și Dezastre din Indonezia este un centru de răspuns la criză format pentru a atenua și a răspunde la COVID-19 în provincia Java de Vest din Indonezia.

Serviciul digital Jabar a dezvoltat, ca parte a răspunsului, un instrument web și aplicație open-source care permite utilizatorilor să acceseze cele mai recente date despre COVID-19.

DeschideMRS

OpenMRS este un sistem de îngrijire a pacienților utilizat în multe țări în curs de dezvoltare de pe glob. Datorită flexibilității Sistemul OpenMRSțările care au avut resursele de asistență medicală solicitate îl pot folosi pentru supravegherea, screening-ul și tratamentul COVID-19.

Sistemul îi poate ajuta să-și extindă capacitatea, oferindu-le acces la informații științifice despre abordarea crizei.

OpenLMIS

The Proiectul OpenLMIS folosește o tactică axată pe comunitate pentru a dezvolta un sistem de informații de management al logisticii cu sursă deschisă și reglabil. Sistemul OpenLMIS urmărește să îmbunătățească acuratețea datelor, să sporească responsabilitatea, să îmbunătățească actualitatea datelor și vizibilitatea.

Sistemul OpenLMIS urmărește să îmbunătățească lanțurile de aprovizionare în domeniul sănătății, inventarul resurselor medicale pentru a oferi o imagine clară a proviziilor medicale disponibile, inclusiv truse de testare și EIP (echipament individual de protecție). Acest instrument poate fi implementat eficient pentru a sprijini factorii de decizie în alocarea resurselor ca răspuns la COVID-19.

  O introducere în realitatea extinsă și de ce este importantă

Locuri de sănătate

The Proiectul Global Healthsites Mapping este un proiect care are ca scop cartografierea fiecărei unități sanitare din lume și să facă detaliile fiecărui spital ușor accesibile. Datele despre unitățile sanitare au fost făcute accesibile printr-un API.

Colaborând cu utilizatorii, echipa healthsites.io captează și validează locația și detaliile de contact ale fiecărei unități de sănătate și face datele disponibile gratuit și accesibile printr-o licență pentru date deschise.

SORMAS

SORMAS (Sistem de management și analiză a răspunsului la focar de supraveghere) este un sistem de e-sănătate mobil cu sursă deschisă. Acesta a fost implementat pentru a implementa procedurile de control al bolilor și de gestionare a focarelor.

A fost implementat eficient în mai multe țări, inclusiv Ghana, Nigeria, Nepal și Fiji, pentru supravegherea și detectarea timpurie a COVID-19.

SORMAS este un sistem gratuit, open-source, care respectă standardele de protecție a datelor.

Tokyo COVID-19

Spre deosebire de multe alte orașe și guverne, Guvernul Metropolitan din Tokyo a dezvoltat un site web open-source care își informează rezidenții despre COVID-19. Făcându-l open-source, site-ul a primit contribuții de la peste 200 de utilizatori. Alte trei orașe, Chiba, Nagano și Fukuoka, au recreat site-ul.

DeschideELIS

Scopul Sistemul de sănătate OpenELIS este de a îmbunătăți asistența medicală prin furnizarea unui sistem progresiv de management al informațiilor de laborator, bazat pe standarde, care poate fi utilizat de diverse inițiative de sănătate pentru a îmbunătăți opțiunile de tratament.

Focarul de COVID-19 a prezentat o provocare globală de urmărire a contactelor și testare în masă a cazurilor suspecte. Sistemul OpenELIS poate fi implementat eficient în abordarea COVID-19 pentru a facilita urmărirea testelor și rezultatelor de laborator.

The Trusa de instrumente pentru sănătatea comunității este o colecție de instrumente open-source, precum și resurse de acces deschis care vizează construirea și implementarea instrumentelor digitale pentru a fi utilizate în inițiativele de sănătate comunitară în zone greu de atins.

Comunitatea de dezvoltatori Community Health Toolkit s-a mobilizat pentru a dezvolta instrumente și resurse care vizează sprijinirea lucrătorilor comunitari din domeniul sănătății pentru a aborda COVID-19.

CHIME

The Modelul de impact al spitalelor COVID-19 pentru epidemii (CHIME) este o aplicație open-source dezvoltată de oamenii de știință de date de la Penn Medicine – Universitatea din Pennsylvania. Este un instrument online care permite spitalelor să prezică impactul virusului asupra resurselor medicale.

  Ce MacBook este potrivit pentru tine?

Este dezvoltat folosind Python și dependența open-source panda.

Harta de îngrijire COVID

The Harta de îngrijire COVID ajută la cartografierea resurselor de asistență medicală deja existente și la prognozarea lacunelor în paturile de spital, ventilatoare, materiale medicale și personal. Toate metodele, instrumentele de procesare a datelor, vizualizările și codul sursă sunt gratuite și open-source.

Proiectul COVID Care Map urmărește să anticipeze și să acționeze pentru a solicita sprijin pentru îngrijirea eficientă a numărului în creștere rapidă de infecții cu COVID-19 și a celor care au nevoie de terapie intensivă.

Locale.ai

Locale.ai a dezvoltat o vizualizare interactivă, open-source, a tuturor cazurilor confirmate de COVID-19 de pe glob. Interogează setul de date open-source de la Universitatea John Hopkins.

Locale.ai a dezvoltat Site de vizualizare COVID-19 prin utilizarea Vue.js, care este un cadru popular care permite dezvoltatorilor să creeze aplicații web moderne.

COVID-19 în întreaga lume

Această aplicație folosește o vizualizare a hărții pentru a monitoriza răspândirea COVID-19, cazurile confirmate și dezvoltarea bolii pe tot globul. Utilizează datele de la John Hopkins CSSE.

Tracker de coronavirus

Aceasta este o aplicație Shiny dezvoltată de John Coene. Acesta urmărește răspândirea COVID-19 prin utilizarea datelor de la John Hopkins, datele DXY și Weixin. Aplicația arată numărul de cazuri suspectate, confirmate și recuperate pe timp și regiune. Codul este disponibil pe Github.

Cazuri globale de COVID-19

Cazuri globale de COVID-19 este o aplicație Shiny dezvoltată de Christoph Schoenenberger care arată evoluțiile COVID-19 pe o hartă, diagrame, tabele rezumative și cifre. Codul său este disponibil pe Github.

Guvernele și COVID-19

Aceasta este o aplicație Shiny dezvoltată de Sebastian Engel-Wolf. Acesta cartografiază creșterea exponențială a COVID-19, zilele până la dublarea infecțiilor, cazurile confirmate, rata mortalității și numărul de cazuri confirmate la 100.000 de persoane în diferite regiuni. Codul este disponibil pe Github.

Încheierea

Comunitatea open-source a răspuns rapid și eficient la pandemia de COVID-19. Multe proiecte au fost realizate și continuă să fie realizate pentru a combate răspândirea bolii. Acest articol descrie unele dintre proiecte. Există încă incertitudine cu privire la modul în care boala va progresa în următoarele săptămâni. Mai multe proiecte care pot folosi tehnologiile open-source existente își vor găsi un loc în lupta împotriva acestei boli mortale.

Stai in siguranta!

Articol de Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem

x